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大豆栽培品種中黃13的端粒到端粒完整基因組及其表觀(guān)遺傳修飾圖譜。 受訪(fǎng)者供圖
10月6日，廣西大學(xué)王海峰教授團(tuán)隊(duì)與東北農(nóng)業(yè)大學(xué)陳慶山教授團(tuán)隊(duì)合作，成功發(fā)布了中國(guó)大豆品種“中黃13”(ZH13)的完整基因組“ZH13-T2T”，并首次繪制了該大豆品種的表觀(guān)遺傳修飾圖譜。這一研究結(jié)果以The T2T Genome Assembly of Soybean Cultivar ZH13 and Its Epigenetic Landscapes（大豆栽培品種中黃13的端粒到端粒完整基因組及其表觀(guān)遺傳修飾圖譜）為題發(fā)表于《分子植物》（Molecular Plant）?！斗肿又参铩肥荂ell Press出版社旗下植物學(xué)領(lǐng)域最高層期刊之一。廣西大學(xué)亞熱帶農(nóng)業(yè)生物資源保護(hù)與利用國(guó)家重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室、農(nóng)學(xué)院為第一署名單位。
研究人員整合了Nanopore（納米孔）超長(zhǎng)測(cè)序、PacBio HiFi（PacBio 高保真，PacBio是國(guó)外測(cè)序公司的名字）測(cè)序和Hi-C（高通量染色體構(gòu)象捕獲技術(shù)）技術(shù)，成功組裝了近乎完整的ZH13-T2T基因組(圖A)，填補(bǔ)了ZH13v2基因組的空白區(qū)域，特別是著絲粒和端粒區(qū)域。作者補(bǔ)充了約26Mb的新序列，并校正了35個(gè)倒位和163個(gè)易位，其中大部分結(jié)構(gòu)變異發(fā)生在著絲粒區(qū)域(圖B)，為進(jìn)一步研究大豆的功能基因組提供了堅(jiān)實(shí)的數(shù)據(jù)基礎(chǔ)。
該研究不僅成功組裝了中國(guó)大豆品種ZH13的T2T基因組，還繪制了首個(gè)完整的表觀(guān)遺傳修飾圖譜，解析了大豆復(fù)雜區(qū)域（著絲粒與端粒）的表觀(guān)修飾特征，這些工作將極大地促進(jìn)了對(duì)大豆基因表達(dá)調(diào)控網(wǎng)絡(luò)的研究以及育種工作。
廣西大學(xué)王海峰教授和東北農(nóng)業(yè)大學(xué)陳慶山教授為該論文的通訊作者，廣西大學(xué)博士研究生張超、助理教授謝亮，博士研究生于航以及東北農(nóng)業(yè)大學(xué)副教授王錦輝為論文的共同第一作者。該研究得到了國(guó)家重點(diǎn)研發(fā)計(jì)劃、國(guó)家自然科學(xué)基金、廣西自然科學(xué)基金等多個(gè)項(xiàng)目的資助。
